LES CLASSIFICATIONS
Les classifications phylogénétiques


Avec les progrès enregistrés dans le domaine de la biologie moléculaire et de la génétique, les classifications traditionneles du Vivant ont été mises à mal. En effet, ces dernières ne tenaient pas compte de l'hérédité d'une part, et des évolutions survenues au cours des millénaires dans ce monde du Vivant, d'autre part. Ainsi, on aurait pu, compte-tenu de leur ressemblance physique, classer dans le même rang taxinomique, Johnny Hallyday et ses sosies, convenez qu'ils n'ont très certainement qu'une parenté très éloignée (Adam et Eve ?) !
Afin d'avoir une meilleure cohérence, la botanique a eu recours à une spécialité nouvelle : la phylogénie. Celle-ci est l'étude des relations de parenté entre divers êtres vivants afin de comprendre l'évolution des organismes vivants. On représente une phylogénie sous la forme d'un arbre phylogénétique sur lequel le nombre de noeuds entre les branches (représentant le nombre d'ancêtres communs) indique le degré de parenté (plus il y a de noeuds entre 2 taxons, plus leur parenté est éloignée, c'est-à-dire que leur ancêtre commun est ancien).
Si vous avez lu la page concernant la classification de Cronquist, vous avez pu voir que les classifications traditionnelles s'appuyaient sur des analogies. Par contre, à la base des classifications phylogénétiques est la notion d'homologie: le caractère retenu pour regrouper les organismes vivants dans des taxons n'est plus la ressemblance morphologique, anatomique ou biologique mais le patrimoine génétique, en d'autre termes il n'est plus question de chercher les similitudes mais l'ancêtre commun. Pour illustrer les notions d'analogie et d'homologie, on dira que François Hollande et Barack Obama sont des homologues (tous 2 présidents d'un état) mais ne sont pas analogues (ils ne se ressemblent pas physiquement, ils ne parlent pas la même langue, etc ...).
Pour établir les liens de parenté pouvant exister entre 2 êtres vivants, la phylogénie utilise 2 techniques: la phénétique et la cladistique. Ces 2 techniques, longtemps opposées, sont aujourd'hui utilisées conjointement.
La phénétique propose de quantifier la ressemblance entre 2 êtres vivants en prenant pour postulat de base que le degré de ressemblance est étroitement lié au degré de parenté (et vice-versa). Peu pertinente lorsqu'elle est appliquée aux seuls caractères morphologiques (en raison des analogies), cette méthode devient performante dès que l'on compare un très grand nombre de caractères (y compris les caractères moléculaires) car le nombre de caractères analogiques y devient alors négligeable. Dans l'arbre phylogénétique (appelé dendrogramme) obtenu par cette méthode, la longueur des branches dépend de la distance génétique entre les différents taxons et représente leur degré de parenté.
La cladistique a été initiée par le biologiste allemand Willi Hennig. Elle est basée sur la notion d'homologie et cherche à établir les liens de parenté entre les taxons lorsque ceux-ci partagent des états de caractères dits apomorphes (engendrés par une évolution), c'est-à-dire hérités d'un ancêtre commun chez lequel cette évolution est apparue. L'ensemble -ancêtre commun et tous ses descendants- constitue ce que l'on appelle un groupe monophylétique ou clade. Dans l'arbre phylogénétique (appelé cladogramme) obtenu par la cladistique, chaque noeud représente un ancêtre commun et chaque branche représente un clade. La parenté existant entre 2 taxons est d'autant plus importante que leurs ancêtres communs sont proches.
Lorsque les résultats obtenus par la phénétique et ceux obtenus par la cladistique convergent, on obtient une phylogénie des plus solides. L'utilisation conjointe de ces 2 méthodes a mis en évidence dans les classifications classiques l'existence de groupes non fondés sur les liens de parenté, devenus donc illégitimes dans les classifications phylogénétiques. A contrario, vous rencontrerez dans les classifications phylogénétiques des groupes nouveaux n'existant pas dans les classifications traditionnelles.
L'Angiosperm Philogeny Group (en abrégé APG), association américaine de botanistes de tous pays ayant pour ambition d'étudier les végétaux sous l'angle phylogénique, s'est donné pour but de classer le groupe le plus important de ces derniers, les angiospermes. En 1998, l'Angiosperm Philogeny Group a fait paraître la première classification phylogénétique des plantes à fleurs appelée " Classification phylogénétique APG". En 2003, un correctif était apporté à cette dernière sous la terminologie "APG II". Enfin, en 2009, une troisième version a vu le jour sous la terminologie "APG III".
C'est celle-ci que j'ai utilisée sur ce site et que je vous propose de découvrir ci-dessous.



Clade des Angiospermes
Clade rang 1 Clade rang 2 Clade rang 3 Clade rang 4 Ordres Familles
Amborellales Amborellacées
Austrobaileyales Austrobailéyacées, Schisandracées, Triméniacées
Chloranthales Chlorantacées
Nymphaeales Cabombacées, Hydatellacées, Nymphéacées
Magnoliidées
Canellales Canellacées, Wintéracées
Laurales Athérospermatacées, Calycanthacées, Gomortégacées, Hernandiacées, Lauracées, Monimiacées, Siparunacées
Magnoliales Annonacées, Dégénériacées, Eupomatiacées, Himantandracées, Magnoliacées, Myristicacées
Piperales Aristolochiacées, Hydnoracées, Lactoridacées, Pipéracées, Saururacées
Monocotylédones
Acorales Acoracées
Alismatales Alismatacées, Aponogétonacées, Aracées, Butomacées, Cymodoceacées, Hydrocharitacées, Juncaginacées, Posidoniacées, Potamogétonacées, Ruppiacées, Scheuchzériacées, Tofieldiacées, Zostéracées
Asparagales Amaryllidacées, Asparagacées, Astéliacées, Blandfordiacées, Boryacées, Doryanthacées, Hypoxidacées, Iridacées, Ixioliriacées, Lanariacées, Orchidacées, Tecophiléacées, Xanthorrhoeacées, Xéronématacées
Dioscoreales Burmanniacées, Dioscoréacées, Narthéciacées
Liliales Alstroemériacées, Campynématacées, Colchicacées, Corsiacées, Liliacées, Mélanthiacées, Pétermanniacées, Philésiacées, Ripogonacées, Smilacacées
Pandanales Cyclanthacées, Pandanacées, Stémonacées, Triuridacées, Velloziacées
Petrosaviales Petrosaviacées
Commélinidées
Dasypogonacées
Arecales Arécacées
Commelinales Commélinacées, Haemodoracées, Hanguanacées, Philydracées, Pontédériacées
Poales Anarthriacées, Broméliacées, Centrolépidacées, Cypéracées, Ecdéiocolécées, Eriocaulacées, Flagellariacées, Joinvillécées, Juncacées, Mayacacées, Poacées, Rapatécées, Restionacées, Thurniacées, Typhacées, Xyridacées
Zingiberales Cannacées, Costacées, Heliconiacées, Lowiacées, Marantacées, Musacées, Strelitziacées, Zingibéracées
probable frère de Dicotylédones vraies
Ceratophyllales Cératophyllacées
Dicotylédones vraies
Sabiacées
Buxales Buxacées, Haptanthacées
Proteales Nélumbonacées, Platanacées, Protécées
Ranunculales Berbéridacées, Circaéstéracées, Euptélécées, Lardizabalacées, Ménispermacées, Papavéracées, Ranunculacées
Trochodendrales Trochodendracées
Noyau des Dicotylédones vraies
Dilléniacées
Berberidopsidales Aextoxicacées, Berbéridopsidacées
Caryophyllales Achatocarpacées, Aizoacées, Amaranthacées, Anacampsérotacées, Ancistrocladacées, Astéropéiacées, Barbeuiacées, Basellacées, Cactacées, Caryophyllacées, Didiéréacées, Dioncophyllacées, Droséracées, Drosophyllacées, Frankéniacées, Gisékiacées, Halophytacées, Liméacées, Lophiocarpacées, Molluginacées, Montiacées, Népenthacées, Nyctaginacées, Physénacées, Phytolaccacées, Plumbaginacées, Polygonacées, Portulacacées, Rhabdodendracées, Sarcobatacées, Simmondsiacées, Stégnospermatacées, Talinacées, Tamaricacées
Gunnerales Gunnéracées, Myrothamnacées
Santalales Balanophoracées, Loranthacées, Misodendracées, Santalacées, Olacacées, Opiliacées, Schoepfiacées
Saxifragales Altingiacées, Aphanopétalacées, Cercidiphyllacées, Crassulacées, Daphniphyllacées, Grossulariacées, Haloragacées, Hamamélidacées, Itéacées, Paéoniacées, Penthoracées, Péridiscacées, Saxifragacées, Tétracarpaéacées
Rosidées
Vitales Vitacées
Fabidées
Celastrales Célastracées, Lépidobotryacées
Cucurbitales Anisophyllécées, Bégoniacées, Coriariacées, Corynocarpacées, Cucurbitacées, Datiscacées, Tétramélacées
Fabales Fabacées, Polygalacées, Quillajacées, Surianacées
Fagales Bétulacées, Casuarinacées, Fagacées, Juglandacées, Myricacées, Nothofagacées, Ticodendracées
Malpighiales Achariacées, Balanopacées, Bonnétiacées, Calophyllacées, Caryocaracées, Centroplacacées, Chrysobalanacées, Clusiacées, Cténolophonacées, Dichapétalacées, Elatinacées, Erythroxylacées, Euphorbiacées, Euphroniacées, Goupiacées, Humiriacées, Hypéricacées, Irvingiacées, Ixonanthacées, Lacistématacées, Linacées, Lophopyxidacées, Malpighiacées, Ochnacées, Pandacées, Passifloracées, Phyllanthacées, Picrodendracées, Podostémacées, Putranjivacées, Rafflésiacées, Rhizophoracées, Salicacées, Trigoniacées, Violacées
Oxalydales Brunelliacées, Céphalotacées, Connaracées, Cunoniacées, Elaéocarpacées, Huacées, Oxalidacées
Rosales Barbéyacées, Cannabacées, Dirachmacées, Eléagnacées, Moracées, Rhamnacées, Rosacées, Ulmacées, Urticacées
Zygophyllales Kramériacées, Zygophyllacées
Malvidées
Brassicales Akaniacées, Batacées, Brassicacées, Capparacées, Caricacées, Cléomacées, Emblingiacées, Gyrostémonacées, Koeberliniacées, Limnanthacées, Moringacées, Pentadiplandracées, Résédacées, Salvadoracées, Setchellanthacées, Tovariacées, Tropaéolacées
Crossosomatales Aphloiacées, Crossosomatacées, Geissolomatacées, Guamatélacées, Stachyuracées, Staphylécées, Strasburgériacées
Geraniales Géraniacées, Mélianthacées, Vivianiacées
Huerteales Dipentodontacées, Gerrardinacées, Tapisciacées
Malvales Bixacées, Cistacées, Cytinacées, Diptérocarpacées, Malvacées, Muntingiacées, Neuradacées, Sarcolaénacées, Sphaérosépalacées, Thymélaéacées
Myrtales Alzatécées, Combrétacées, Cryptéroniacées, Lythracées, Mélastomatacées, Myrtacées, Onagracées, Pénaécées, Vochysiacées
Picramniales Picramniacées
Sapindales Anacardiacées, Biebersteiniacées, Burséracées, Kirkiacées, Meliacées, Nitrariacées, Rutacées, Sapindacées, Simaroubacées
Astéridées
Cornales Cornacées, Curtisiacées, Grubbiacées, Hydrangéacées, Hydrostachyacées, Loasacées
Ericales Actinidiacées, Balsaminacées, Cléthracées, Cyrillacées, Diapensiacées, Ebénacées, Ericacées, Fouquiériacées, Lecythidacées, Marcgraviacées, Mitrastémonacées, Pentaphylacacées, Polémoniacées, Primulacées, Roridulacées, Sapotacées, Sarracéniacées, Sladéniacées, Styracacées, Symplocacées, Tétraméristacées, Théacées
Lamiidées
Boraginacées, Icacinacées, Metténusiacées, Oncothécacées, Vahliacées
Garryales Eucommiacées, Garryacées
Gentianales Apocynacées, Gelsémiacées, Gentianacées, Loganiacées, Rubiacées
Lamiales Acanthacées, Bignoniacées, Byblidacées, Calcéolariacées, Carlémanniacées, Gesnériacées, Lamiacées, Linderniacées, Lentibulariacées, Martyniacées, Oléacées, Orobanchacées, Paulowniacées, Pédaliacées, Phrymacées, Plantaginacées, Plocospermatacées, Schlégéliacées, Scrophulariacées, Stilbacées, Tétrachondracées, Thomandersiacées, Verbénacées
Solanales Convolvulacées, Hydroléacées, Montiniacées, Solanacées, Sphénocléacées
Campanulidées
Apiales Apiacées, Araliacées, Griséliniacées, Myodocarpacées, Pennantiacées, Pittosporacées, Torricelliacées
Aquifoliales Aquifoliacées, Cardioptéridacées, Helwingiacées, Phyllonomacées, Stémonuracées
Asterales Alseuosmiacées, Argophyllacées, Astéracées, Calycéracées, Campanulacées, Goodéniacées, Ményanthacées, Pentaphragmatacées, Phellinacées, Rouséeacées, Stylidiacées
Bruniales Bruniacées, Columelliacées
Dipsacales Adoxacées, Caprifoliacées
Escalloniales Escalloniacées
Paracryphiales Paracryphiacées



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